不一定在北京，但肯定不在南京。
从物候来说，有很多不合理的地方。比如北方的梅花是在春天开放，而贾珍请贾母赏梅却是在冬天，因为接下来就说刘姥姥家“冬事未办”。从这里来看，宁荣二府应该是在北方吧？
但是作品中又屡次出现“炕”。黛玉拜贾政，王夫人让她上炕；袭人夜探黛玉，在炕沿坐；刘姥姥劝女婿是坐在炕头上；平儿见刘姥姥是站在炕沿上；连宝玉探望宝钗，薛姨妈也是说天气太冷，让他到炕上坐。我只见过华北、东北有炕，难道南方沿海地区也有炕吗？
这并不是作者的疏忽，而是有意为之。从第一回就申明了“无朝代年纪可考”“朝代年纪，地舆邦国，却反失落无考”，和我们现代流行的网络小说，动不动就穿越到虚拟的“大周朝”“大虞朝”，是同样的道理。
既然没有时间与空间的限制，我又怎么知道肯定不在南京呢？很简单，作品中屡次出现“南京”字样。
先是冷子兴演说荣国府，贾雨村说他到了“金陵”，到了“石头城”，这都是南京的别称。而这里的贾府，也有宁府、荣府，却是“大门前冷落无人”，可见这是无人居住的故宅。
你说“南京”未必是作品中的金陵与石头城，好吧，也由得你。直接出现“南京”的，也不是没有。
第十二回，“老爷正在厅上看南京的东西”；
第三十三回，贾母和儿子生气，“我和你太太、宝玉立刻回南京去”；
第四十六回，鸳鸯的父母在南京看守房屋（是主人不在，而不是完全无人看守）；
第五十二回，远道而来的宝琴托说她的私人藏品“在南京收着呢”；
第五十六回，同样远道而来的甄家仆妇，带来与贾宝玉肖似的甄宝玉的消息，湘云调侃宝玉“你逃走到南京找那一个去”；
……
再举下去，我也嫌太烦了。这已经足够证明，南京是贾家故园，是“四大家族”的发源地，是故交甄家居住的地方。
也同样证明，现在的贾家宁荣二府，贾宝玉出生与生活的地方，肯定不在南京。
不在南京，那么，是在北京吗？同样不能确定。
不错，作品中的确多次出现“进京”“神京”“上京”“京都”等字样。而作者生活的清代，京都也的确是北京。
但是，小说已经明说了，“无朝代年纪可考”，故事发生在一个架空的、虚构的、遗失了的朝代中，怎么见得那个空间里，也是以北京为首都的？又怎么见得那个空间里，也有北京这个地方？
不见得是在清朝，也不见得是在北京。因为没有时间与空间的限制，这段凄美的爱情，这些可爱的少年，这个美丽的荣国府，才具有更广泛的审美价值——说人话：才让更多的人，不受限制地爱上这个故事。